Task 187275

Name boinc2docker_27897_1556840589.168940_1
Workunit 84558
Created 2 May 2019, 23:43:12 UTC
Sent 3 May 2019, 14:29:51 UTC
Report deadline 10 May 2019, 14:29:51 UTC
Received 3 May 2019, 17:08:05 UTC
Server state Over
Outcome Success
Client state Done
Exit status 0 (0x00000000)
Computer ID 94
Run time 8 min 4 sec
CPU time 1 min 21 sec
Validate state Valid
Credit 0.49
Device peak FLOPS 16.67 GFLOPS
Application version boinc2docker v1.07 (vbox64_mt)
x86_64-pc-linux-gnu
Peak working set size 82.33 MB
Peak swap size 109.33 MB
Peak disk usage 524.80 MB

Stderr output

<core_client_version>7.8.3</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
2019-05-03 18:39:30 (114204): vboxwrapper (7.9.26200): starting
2019-05-03 18:39:30 (114204): Feature: Checkpoint interval offset (229 seconds)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Detected: VirtualBox COM Interface (Version: 5.1.26)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Detected: Minimum checkpoint interval (600.000000 seconds)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Create VM. (boinc_3f8b5737742b7677, slot#5)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Updating drive controller type and model for desired configuration.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Setting Memory Size for VM. (5584MB)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Setting CPU Count for VM. (4)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Setting Chipset Options for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Setting Boot Options for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Enabling VM Network Access.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Setting Network Configuration for NAT.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling USB Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling COM Port Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling LPT Port Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling Audio Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling Clipboard Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Disabling Drag and Drop Support for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Adding storage controller(s) to VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Adding virtual ISO 9660 disk drive to VM. (vm_isocontext.iso)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Adding VirtualBox Guest Additions to VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Adding network bandwidth throttle group to VM. (Defaulting to 1024GB)
2019-05-03 18:39:30 (114204): Enabling shared directory for VM.
2019-05-03 18:39:30 (114204): Starting VM. (boinc_3f8b5737742b7677, slot#5)
2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: VirtualBox 5.1.26

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: Boot : bseqnr=1, bootseq=0032

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: int13_harddisk: function 02, unmapped device for ELDL=80

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: Boot from Hard Disk 0 failed

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: Boot : bseqnr=2, bootseq=0003

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: Booting from CD-ROM...

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: KBD: unsupported int 16h function 03

2019-05-03 18:39:39 (114204): Guest Log: BIOS: AX=0305 BX=0000 CX=0000 DX=0000 

2019-05-03 18:39:39 (114204): Successfully started VM. (PID = '113904')
2019-05-03 18:39:39 (114204): Reporting VM Process ID to BOINC.
2019-05-03 18:39:46 (114204): VM state change detected. (old = 'poweroff', new = 'running')
2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: vgdrvHeartbeatInit: Setting up heartbeat to trigger every 2000 milliseconds

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: vboxguest: misc device minor 56, IRQ 20, I/O port d020, MMIO at 00000000f0400000 (size 0x400000)

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: net.ipv4.ip_forward = 1

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: sysctl: cannot stat /proc/sys/net/ipv6/conf/all/forwarding: No such file or directory

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: sysctl: setting key "cannot stat %s": No such file or directory

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: sysctl: "cannot stat %s" is an unknown key

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: sysctl: setting key "cannot stat %s": No such file or directory

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: Segmentation fault

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: automount ...

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: Is the disk unpartitioned?, test for the 'boot2docker format-me' string

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: automount over.

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: Setting hostname to boot2docker Done.

2019-05-03 18:39:51 (114204): Guest Log: Fri May  3 18:39:46 UTC 2019 dhcp -------------------------------

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: udevadm settle - timeout of 5 seconds reached, the event queue contains:

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0700:00 (1114)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00 (1352)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXCPU:00 (1353)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXCPU:01 (1354)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXCPU:02 (1355)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXCPU:03 (1356)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXPWRBN:00 (1357)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXPWRBN:00/input/input0 (1358)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXPWRBN:00/input/input0/event0 (1359)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSLPBN:00 (1360)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSLPBN:00/input/input1 (1361)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSLPBN:00/input/input1/event1 (1362)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00 (1363)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00 (1364)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/ACPI0003:00 (1365)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/ACPI0003:00/power_supply/AC (1366)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/LNXVIDEO:00 (1367)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/LNXVIDEO:00/device:01 (1368)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/LNXVIDEO:00/input/input7 (1369)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/LNXVIDEO:00/input/input7/event5 (1370)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0400:00 (1371)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0400:01 (1372)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0501:00 (1373)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0501:01 (1374)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0501:02 (1375)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0501:03 (1376)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0C02:00 (1377)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP0C0A:00 (1378)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/PNP8390:00 (1379)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00 (1380)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/APP0001:00 (1381)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0000:00 (1382)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0100:00 (1383)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0103:00 (1384)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0200:00 (1385)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0303:00 (1386)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0700:00 (1387)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0B00:00 (1388)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:00/PNP0F03:00 (1389)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0A03:00/device:02 (1390)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0C0F:00 (1391)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0C0F:01 (1392)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0C0F:02 (1393)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:00/PNP0C0F:03 (1394)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log:   /sys/devices/LNXSYSTM:00/LNXSYBUS:01 (1395)

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: Fri May  3 18:39:52 UTC 2019 dhcp -------------------------------

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: VBoxService 5.0.16 r105871 (verbosity: 0) linux.amd64 (Mar  4 2016 17:38:55) release log

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.000155 main     Log opened 2019-05-03T18:39:52.522105000Z

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: VBoxService 5.0.16 r105871 (verbosity: 0) linux.amd64 (Mar  4 2016 17:38:55) release log

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.000155 main     Log opened 2019-05-03T18:39:52.522105000Z

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.003485 main     OS Product: Linux

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.003485 main     OS Product: Linux

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.004963 main     OS Release: 4.1.19-boot2docker

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.004963 main     OS Release: 4.1.19-boot2docker

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.006299 main     OS Version: #1 SMP Sun Apr 17 19:40:54 UTC 2016

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.006299 main     OS Version: #1 SMP Sun Apr 17 19:40:54 UTC 2016

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007877 main     Executable: /sbin/VBoxService

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007883 main     Process ID: 887

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007884 main     Package type: LINUX_64BITS_GENERIC

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007877 main     Executable: /sbin/VBoxService

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007883 main     Process ID: 887

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.007884 main  00:00:00.010606 main     5.0.16 r105871 started. Verbose level = 0 

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: Package type: LINUX_64BITS_GENERIC

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.010606 main     5.0.16 r105871 started. Verbose level = 0

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.012699 vminfo   rtldrNativeLoad: dlopen('libdbus-1.so.3', RTLD_NOW | RTLD_LOCAL) failed: libdbus-1.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: 00:00:00.012750 vminfo   Error: Unable to connect to system D-Bus (1/3): D-Bus not installed

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: Mounting BOINC shared/...

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: -------------------

2019-05-03 18:39:56 (114204): Guest Log: Fri May  3 16:39:54 UTC 2019

2019-05-03 18:39:56 (114204): Preference change detected
2019-05-03 18:39:56 (114204): Setting CPU throttle for VM. (100%)
2019-05-03 18:39:57 (114204): Setting checkpoint interval to 600 seconds. (Higher value of (Preference: 120 seconds) or (Vbox_job.xml: 600 seconds))
2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log: 00:00:05.015224 vminfo   Error: Unable to connect to system D-Bus (2/3): D-Bus not installed

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log: Fri May  3 16:39:59 UTC 2019

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log: 1: lo: <LOOPBACK,UP,LOWER_UP> mtu 65536 qdisc noqueue state UNKNOWN group default 

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log:     link/loopback 00:00:00:00:00:00 brd 00:00:00:00:00:00

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log:     inet 127.0.0.1/8 scope host lo

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log:        valid_lft forever preferred_lft forever

2019-05-03 18:40:02 (114204): Guest Log: 2: dummy0: <BROADCAST,NOARP> mtu 1500 qdisc noop state DOWN group default 

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2019-05-03 18:40:07 (114204): Guest Log: 00:00:10.019361 vminfo   Error: Unable to connect to system D-Bus (3/3): D-Bus not installed

2019-05-03 18:40:54 (114204): Guest Log: Prerun diagnostics...

2019-05-03 18:40:54 (114204): Guest Log: REPOSITORY          TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE

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2019-05-03 18:40:54 (114204): Guest Log: 1.3G	/var/lib/docker

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2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log:   0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:--  0:02:07 --:--:--     0curl: (7) Failed to connect to boinc.tacc.utexas.edu port 5060: Connection timed out

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: /bin/bash: line 1:    16 Illegal instruction     gmx grompp -f em_steep.mdp -c methane_water.gro -p topol.top -o min_thing.tpr

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: Postrun commands...

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: boinc_app exited (0)

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: Saving results...

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: tar: *: Cannot stat: No such file or directory

2019-05-03 18:47:20 (114204): Guest Log: tar: Exiting with failure status due to previous errors

2019-05-03 18:47:20 (114204): VM Completion File Detected.
2019-05-03 18:47:20 (114204): Powering off VM.
2019-05-03 18:47:21 (114204): Successfully stopped VM.
2019-05-03 18:47:26 (114204): Deregistering VM. (boinc_3f8b5737742b7677, slot#5)
2019-05-03 18:47:26 (114204): Removing virtual disk drive(s) from VM.
2019-05-03 18:47:26 (114204): Removing network bandwidth throttle group from VM.
2019-05-03 18:47:26 (114204): Removing storage controller(s) from VM.
2019-05-03 18:47:27 (114204): Removing VM from VirtualBox.
18:47:32 (114204): called boinc_finish(0)

</stderr_txt>
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